由于盆底综合征的病因，病理生理尚不十分清楚，对该病的处理方法尚有许多不足之处。
　　1.排出阻滞性便秘对经受过不幸事件的便秘患者的心理状态应进行调节。一些患者需要应用缓泻剂。给予高纤维素无效的患者应对足量纤维素饮食情况下的结肠通过时间重新予以测定，以明确患者是否适宜应用高纤维素膳食。对肛门痉挛患者可采用肉毒梭菌毒素(Botulinumtoxin，Botox)注射治疗，为每一侧耻骨直肠肌各注射Botox各10U或于每一侧耻骨直肠肌的后部各注射Botox各20U，均对肛门痉挛有较好的疗效，且该疗法副作用及并发症较少，至今尚未发现危及患者生命安全的并发症。
　　2.直肠脱垂对直肠脱垂的处理方法比较多。于结肠镜直视下应用注射针抽取药物(如消痔灵注射液等)对高位直肠黏膜进行注射，通过使直肠黏膜与肌层或直肠高位部分与周围组织产生无菌性炎症、纤维化，致直肠与周围组织粘连固定。
　　此外，直肠脱垂是手术的适应证之一。目前对直肠脱垂所采取的手术方式有：直肠瘢痕固定术、肠管切除术、括约肌折叠术、直肠悬吊固定术及肛门环缩术。上述术式各有其优缺点，应依患者的临床情况及术者的技术水平进行选择。隐性直肠脱垂是否进行手术治疗目前仍有争论，由于生物反馈疗法对一部分病人尚有不错的疗效，似以先行功能锻炼为佳。
　　3.大便失禁(encopresis)如于分娩或直肠肛管外伤过程中发生肛门外括约肌损伤致大便失禁，则括约肌成形术及会阴体重建术常有较好疗效。先天性脊髓发育不良所致神经源性大便失禁，可采取双侧髂腰肌转移盆底肌加强替代术，术后结合盆底肌的协调共济肌与毗邻肌诱导训练，直肠反射诱导训练及排便反射的康复训练常能取得良好疗效。